オープンサイエンス・リレーエッセーライフサイエンス分野におけるオープンサイエンスへの課題
～データインフラ整備だけでなく、研究者の意識改革に向けた議論へ～

坊ぼう農のう秀ひで雅まさ大学共同利用機関法人情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) 特任准教授

PROFILE: 専門はバイオインフォマティクス、データベース生物学。
博士(理学)。現職にてライフサイエンス分野の公共データの流通、とくにデータベース統合利用環境の構築と利用普及を担当。
利用可能なデータのメタ解析とその生物学的な検証に興味を持つ。

１．公共財としてのオープンデータ

　「遺伝子配列を決定したらデータベース（DB）に登録してその登録番号を論文に載せなければ受理されない」――ライフサイエンス分野においては、このルールで学術研究が進められてきた。構造生物学におけるタンパク質立体構造の座標データに関しても同様のルールがあり、ある一定期間エンバーゴがあるものの、最終的にはDBに収録される。　本邦においてもDBにアーカイブするという文化は知られてはいるものの、欧米に比べるとその他の新しい種類のデータを公共財としてオープンにする歩みは遅い。また、それらを研究に再利用することも盛んではない。その背景には、実際には利用しているのにその利用した文献やデータをちゃんと記述しない、「引用する」ことに対する軽視があるのかもしれない。これだけ研究不正問題が騒がれているにもかかわらず、である。

２．日本初のオープンデータと可能性

　理化学研究所はマウス遺伝子のコピーであるcDNAのクローンを収集、その配列を解読し、機能を明らかにしてきた。そのプロジェクトは、FANTOM（Functional annotation of mouse）と呼ばれ、マウスのあらゆる臓器の様々な発生ステージにおける遺伝子発現情報のDBという成果を生んだ。このDBは、後に京都大学の山中伸弥教授のグループがiPS細胞を樹立する際に必要な24候補遺伝子の絞り込みに利用され、結果として学問の発展に貢献することとなった。日本発のオープンデータが、日本人のノーベル賞受賞につながったというとてもいい実例である。
　この他日本発のDBとしては、KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）があるが、FANTOMとKEGGの２つのDBは、世界的にもよく使われているスターコンテンツであると同時に、開始当初からオープンデータとして、インターネット上で誰でも利用できるリソースであったことは特筆すべき点である（残念なことに現在、KEGGは大量ダウンロードの際は有料となっている）。

３．この10年で築いたデータインフラ

　この10年来、私はライフサイエンス分野のDB統合のプロジェクトに関わってきた。はじめは大学共同利用機関である情報・システム研究機構にライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）が設置され、DBCLSが中心となってDB統合を推進してきた。そして2011年から戦略立案やポータルサイトの構築・運営は、科学技術振興機構（JST）のバイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）が担っている。これにより、維持できなくなったDBや個人情報が絡むヒトデータの受け入れ体制がNBDCで確立された。また、NBDCからの「お願い」として、研究成果をDBで公開することが、科研費を始めとする研究課題の募集要項に記されるようになった。これはオープンデータの観点から大きな成果である。
　この他、各省庁のDBを横断的に統合しうまく機能しているものとしては、「integbioDBカタログ」がある。同カタログは、ライフサイエンスに関係する関連省庁で作成したDBも含めて、どういったDBが利用可能かを横断検索して提供することができる。また維持できなくなったDBの「永代供養」を引き受けるというDBアーカイブ化の事業も関係省庁を越えて行われるようになった。

４．データの収集・保全から利活用に向けて

　一方でこういったDBインフラを構築するには苦労があったのも事実である。DBCLSやNBDCといった、DBセンターで収集可能な公開データの整備だけではもちろん不十分で、研究者からデータを出してもらう必要があった。そのために、NBDCに「統合化推進プログラム」として予算がつけられ、公募の結果、植物や微生物といった対象生物種やプロテオームやメタボロームなどデータの種類と研究分野ごとに、その分野の代表的な研究者がそれぞれデータを取りまとめるという形が取られている。
　この他にも、データを集めて保全するだけでなく、データ利用する際に役に立つ日本語コンテンツを独自に作成している。例えば、ウェブ上のツールやDBの使い方チュートリアル動画（統合TV）、我々が日本各所で講師として行脚してきたDB 講習会資料のアーカイブ（MotDB）が挙げられるだろう。また、「新着論文レビュー」は、誰でも自由に読める新しいタイプの日本語レビューオンラインコンテンツで、始めて6年経ったが、約千エントリの日本語レビューを掲載することで、研究者にも浸透しているサービスとなっている。

5．課題となる人材育成、そして行政への期待